プレビューがらみのレイアウトのバグがあるみたいです。

もう一度再現性をチェックしました。
下記のパターンで発生します。

例)TOPページのレイアウト設定

[デザイン管理]-[PC]-[レイアウト設定]
※初期の対象ページはTOPページです。
※下の一覧表の色の変わっているページがレイアウト対象ページです。

1.レイアウトに配置済の「新着情報」の全ページにチェックを入れる。
2.[プレビュー]ボタンをクリックしプレビュー表示する。
3.[登録する]ボタンをクリックし保存する。
4.「新着情報」の全ページのチェックをはずす。
5.[登録する]ボタンをクリックし保存する。

上記手順で、同一ブロック(新着情報)が2つにふえて、1つが全ページにチェックが入り、1つには全ページにチェックがいりません。

この現象が発生した場合は、

1.二重配置になっているブロックを両方とも、「未使用ブロック」にドラッグし、一旦[プレビュー]ボタンをクリックしプレビューします。
2.[登録する]ボタンをクリックし保存する。
この時点で、未使用ブロックに2つ存在した同一ブロックが1つに戻ります。
3.再度、対象ブロックをレイアウトに配置します。
4.[登録する]ボタンをクリックし保存する。

これで元に戻ります。

プレビューを使用しなかった場合は、上記現象はおきないようです。